CloudFlare sólo funcionará en registros CNAME y no en A records, por lo que si deseas que que funcione en el dominio raíz, debes realizar una redirección a "www". Puedes hacerlo en el .htaccess de la siguiente forma:
`RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^mysite.com$ [NC]
RewriteCond %{SERVER_PORT} ^80$
RewriteRule ^(.*)$ http://www.midominioregistrado.com/$1 [R=301,L]`
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